近年来，一些学者对厌氧和兼性厌氧的纤维素降解菌进行了研究^{[1, 2, 3]}，以扩大纤维素酶的应用。但对于肠道中厌氧型降解菌的研究鲜有报道，而动物肠道中99%的菌群是厌氧或者是兼性厌氧菌^[4]。竹鼠，分类地位是哺乳纲啮齿目竹鼠科竹鼠属和小竹鼠属，主要分布在我国的南部和中部地区、缅甸北部和越南等国家和地区。竹鼠属于草食性动物，日常主要以植物的根茎类为食。平时饲养时主要以农作物的新鲜秸秆为饲料，其采食的部分是其他动物弃食的部分，是消化利用粗纤维的佼佼者。中华竹鼠主要以成熟竹子为食物来源，对于纤维素具有很强的消化能力。本试验的目的是从竹鼠肠道中分离、鉴定出高活力厌氧纤维素降解菌，以期为提高动物肠道纤维素的利用率,增加动物抵抗力,减少抗生素的使用和解决厌氧环境下高效分解纤维素利用率提供理论支持,为绿色粗词料微生物添加剂的研究和开发提供基础资料。

矿物质溶液：(NH₄)₂SO₄ 6.0 g，NaCl 6.0 g，MgSO₄ 0.6 g，CaCl₂ 0.6 g，加蒸馏水至1 000 mL。

培养基：NH₄Cl 2.0 g，K₂HPO₄ 1.8 g，酵母膏1.2 g，矿物质盐溶液150 mL，DL-半胱氨酸盐酸盐 0.5 g，纤维素[微晶纤维素(MCC)或羧甲基纤维素钠(CMC-Na)]悬浊液100 mL(5%，m/V)，pH调至7.0，加蒸馏水至1 000 mL。灭菌后，按照每200 mL培养基加入1 mL刚果红(CR)溶液(10 mg/mL)的比例加入CR溶液，混匀后倒入平板。

复筛培养基组成中纤维素悬浊液采用纤维二糖代替作为唯一的碳源，溶液纤维二糖含量5%(m/V),其他成分同初筛培养基。

选取3只5月龄雄性的竹鼠，体重约1.5 kg作为试验对象(购自广西省南宁市金诚双丰经济动物养殖科技有限公司),其饲粮由粗饲料和精饲料组成。粗饲料由米糠、新鲜竹子、黄竹草下端茎部、玉米粒组成。精饲料由米饭、预混料(212AA,广西彼得汉预混饲料有限公司)和配合饲料(采用膨化乳猪配合料，购自广西金苹果饲料有限公司)组成。上午饲喂2次，在09:00左右将米饭(50%)、米糠(40%)、预混料(5%)、配合饲料(5%,用水泡湿)混合搅拌后进行饲喂，平均每只成年竹鼠总量为50 g左右；11:00左右饲喂新鲜竹子，每只竹鼠约21.00 g。下午饲喂2次，在15:00左右饲喂新鲜黄竹草下端茎部,每只竹鼠约20 g；16:00左右饲喂泡好并晾干的玉米粒，每只竹鼠约15粒。

在厌氧条件下，取竹鼠盲肠部分内容物进行稀释，选用初筛培养基进行培养，将倒好的平板置于37 ℃厌氧箱中进行培养，约72 h，同时设空白对照组(蒸馏水代替内容物稀释液)。待平板中有菌落长出，选取有透明水解圈(产生纤维素菌落的周围将会出现明显的透明水解圈)的单菌落镜检观察是否为单一菌种，若是单一菌种，留存以备复筛，若不是单一菌种，继续进行初筛分离纯化。将初筛得到的几株能产透明的水解圈的菌株在复筛培养基上进行单菌落培养(同时设空白对照组，蒸馏水代替菌液)，对比水解圈的大小和透明度，选出水解圈较大且透明度较好的2株菌。复筛培养条件同初筛。

吸取450 μL 1% CMC-Na溶液(m/V)于2 mL离心管中，置于40 ℃的水浴锅中预热5 min。加入50 μL的菌液并以灭活的菌液作为对照组，在水浴锅中保温反应30 min。反应结束后，立即加入1 mL的二硝基水杨酸(DNS)试剂，煮沸反应显色5 min，冷却至室温。在540 nm下测其吸光度(OD)值。

纤维素酶活力定义：1 mL菌液于40 ℃ pH 4.8条件下，每分钟水解1% CMC-Na溶液产生1 μmol还原糖(以葡萄糖计，含量通过DNS试剂法测定^[7])的酶量，定义为1个活力单位。

用试剂盒对37 ℃培养48 h的菌株进行基因组DNA提取，细菌基因组DNA快速抽提试剂盒购自生工生物工程(上海)有限公司。步骤如下：1)取1 mL过夜培养的细菌菌液，加入1.5 mL离心管中，用低温冷冻离心机(H1850R，湘仪离心机仪器有限公司)室温5 717×g离心1 min，弃上清，收集菌体，加入400 μL裂解液(buffer digestion)，震荡混匀。65 ℃水浴1 h至细胞完全裂解。水浴过程中，每10 min颠倒混匀1次，至混合液变澄清透明为裂解完全。为得到无RNA的DNA，在水浴后加入20 μL RNase A(20 mg/mL)，室温放置2~5 min。2)加入200 mL Buffer PB，充分颠倒混匀，-20 ℃冰箱放置5 min。3)室温8 933×g离心5 min，将上清液(500~550 μL)转移到新的1.5 mL离心管中。4)加入等体积的异丙醇，颠倒5~8次使之充分混匀，室温放置2~3 min。室温8 933×g离心5 min，弃上清。5)加入1 mL 75%乙醇，颠倒漂洗1~3 min，8 933×g离心2 min，弃上清。漂洗时一定要使沉淀悬浮起来。6)重复步骤5)1次。7)开盖室温，放入真空抽干机，至残留的乙醇完全挥发。(注：此步绝不可省略，否则残留的乙醇会严重影响得率和后续试验。如果残留的乙醇有挂壁现象，倒掉液体后再短暂离心，将残留用移液器吸出。然后开盖室温放真空抽干机，至残留的乙醇完全挥发。)8)得到的DNA用50~100 μL TE缓冲液溶解。提取的总DNA可立即进行下一步试验或-20 ℃保存。TE缓冲液组成为10 mmol/L Tirs-HCl,1 mmol/L乙二胺四乙酸(EDTA),pH 8.0。9)提取的总DNA用1%的琼脂糖凝胶电泳进行检测。

将提取得到的DNA用作PCR扩增的模板，用细菌通用引物27F和1492R对16S rDNA序列进行扩增^[8]。引物序列上游为27F:5′-AGAGTTTGATCMTGGCTGAG-3′,下游为1492R:5′-TACGGCTACCTTGTTACGACTT-3′。PCR扩增反应体系终体积为50 μL。PCR扩增反应程序：预变性94 ℃ 3 min；变性94 ℃ 1 min，退火55 ℃ 40 s，延伸72 ℃ 1.5 min，20个循环；延伸72 ℃ 10 min；4 ℃保温。

利用1%琼脂糖凝胶电泳检测，PCR产物的预期长度约为1 500 bp。

对目的片段进行胶回收，得到单一的16S rDNA片段。电泳检测16S rDNA片段浓度后，确定连接酶系。过夜培养后得到的连接产物转化到大肠杆菌感受态细胞DH5α中。利用蓝白斑筛选正确的转化子。37 ℃摇床培养后，提取DNA并进行PCR扩增、电泳检测，验证正确的转化子提取质粒后送生工生物工程(上海)有限公司进行测序。

由图1可见，初筛采用CMC-Na和MCC为纤维素源均有明显的水解圈产生。在2种不同培养基上，各获得3株水解圈较大且明显的单菌落。

图 1(Figure 1)

Fig. 1

A.CMC-Na空白对照组，B.CMC-Na接种试验组，C.MCC空白对照组，D.MCC接种试验组。 A. CMC-Na blank control group, B. CMC-Na inoculation experimental group, C. MCC blank control group, D. MCC inoculation experimental group.图1 CMC-Na和MCC对纤维素降解菌的初筛培养 Fig. 1 Cellulolytic bacteria preliminary screening culture by CMC-Na and MCC

由图2可见，通过产水解圈大小和透明度的初步观察，分别筛选出2株产水解圈相对较好的单菌落，分别命名为MCC菌株和CMC-Na菌株。它们都能在以纤维素二糖为唯一碳源的培养基上生长。

图 2(Figure 2)

Fig. 2

A.MCC单菌落，B.CMC-Na单菌落。 A. single colony of MCC， B. single colony of CMC-Na.图2 2株产水解圈的单菌落 Fig. 2 Two strains of single colonies producing hydrolysis circle

由表1可见，MCC菌株和CMC-Na菌株的纤维素酶活力分别为6.599和5.268 U/mL。

表1

Table 1

表1(Table 1)

表1 2株纤维素降解菌的纤维素酶活力 Table 1 Cellulolytic enzyme activity of two strains of cellulolytic bacteria U/mL 项目 Items 活力 Activity MCC菌株 MCC strain 6.599±0.269 CMC-Na菌株 CMC-Na strain 5.268±0.047

表1 2株纤维素降解菌的纤维素酶活力 Table 1 Cellulolytic enzyme activity of two strains of cellulolytic bacteria

由图3-A可见，总DNA成功提取。PCR产物使用琼脂糖凝胶电泳检测(图3-B)，约为1 500 bp，与预期长度一致。验证正确的转化子(图4)提取质粒后生工生物工程(上海)有限公司进行测序(图5和图6)。

图 3(Figure 3)

Fig. 3

M：DNA分子质量标准，1~2：MCC菌株，3~4：CMC-Na菌株。 M: DNA molecular weight marker, lands 1 and 2: MCC strain, lands 3 and 4: CMC-Na strain.图3 提取的总DNA(A)和16S rDNA的PCR产物(B) Fig. 3 Extracted total DNA (A) and PCR product of 16S rDNA (B)

图 4(Figure 4)

Fig. 4

M：DNA分子质量标准，1~3：MCC菌株，4~6：CMC-Na菌株。 M: DNA molecular weight marker, lands 1 to 3： MCC strain, lands 4 to 6: CMC-Na strain.图4 转化子的PCR产物 Fig. 4 PCR product of the transformant

图 5(Figure 5)

Fig. 5

图5 MCC菌株的序列 Fig. 5 Sequence of MCC strain

图 6(Figure 6)

Fig. 6

图6 CMC-Na菌株的序列 Fig. 6 Sequence of CMC-Na strain

测序结果整理后,登陆NCBI,在GenBank数据库中用Blast对测序所得到的序列进行同源性比对分析,记录同源性最高菌株的GenBank登录号。经过软件NTIVector比对，CMC-Na菌株和MCC菌株的一致性为99.4%。它们都与酪酸梭状芽孢杆菌(Clostridium butyricum)具有很高的同源性，皆为99%。所得序列经ClustalX 1.81软件校正对齐后运用MEGA 4.1软件的相邻计算法^[9]构建系统发育树，结果见图7和图8，从中可以看出，MCC菌株、CMC-Na菌株和酪酸梭状芽孢杆菌的亲缘关系最近。结果证明MCC菌株和CMC-Na菌株都属于梭菌属(Clostridium)。

图 7(Figure 7)

Fig. 7

图7 MCC菌株16S rDNA系统发育树 Fig. 7 16S rDNA phylogenetic tree of MCC strain

图 8(Figure 8)

Fig. 8

图8 CMC-Na菌株16SrDNA系统发育树 Fig. 8 16S rDNA phylogenetic tree of CMC-Na strain

有研究报道，目前已经筛选到的中温厌氧纤 维素降解细菌主要出现在6个属中：梭菌属(如C. papyrosolves^[11]、C. cellulolyticum^[12])、拟杆菌属(Bacteroides，如B．cellulo．solvens)、醋弧菌属(Acetivibrio，如A． cellulolyticus)、运动杆菌属(Eubacterium，如E． cellulosolvens)、瘤胃球菌属(Ruminococcus，如R． albus)、盐胞菌属(Halocella，如H. cellulolytica)^[10]。

酪酸梭状芽孢杆菌(Clostridium butyricum)，即丁酸梭菌,属于梭菌属，革兰氏阳性厌氧芽孢杆菌。可从于人和动物肠道、干酪和自然酸奶、土壤获得。酪酸梭菌在动物体内定植生长，能产生多种酶。其产生的β-淀粉酶、α-淀粉酶、脂酶、蛋白酶、半纤维素酶、纤维素酶等，可促进动物对多糖、脂肪、蛋白质、半纤维素、纤维素等消化吸收^[13]。

本试验从竹鼠肠道中分离出2株厌氧纤维素降解菌同属梭菌属，并且其同源性与酪酸梭菌相接近。试验过程中还发现，混合菌株产水解圈比较大，而分离培养的菌株产水解圈相对较小且透明度不佳。目前，对于产纤维素降解酶的复合微生物体系^{[14, 15, 16]}和分筛混合菌测酶活力^{[17, 18]}的研究已经有报道。本试验基础上，可以通过测定不同发酵时间、碳源、氮源、接种量、温度及初始pH对菌株产酶活力的影响，对产酶条件进行优化，从而确定这2株纤维素降解菌最佳产酶条件。

从竹鼠盲肠中成功筛选出2株纤维素降解菌，具有较高的纤维素酶活力，经鉴定确定属于梭菌属。