1 材料与方法
1.1 试验设计
表1 玉米-豆粕型饲粮组成及营养水平(风干基础)Table 1 Composition and nutrient levels of corn-soybean type diets (air-dry basis) % |
| 项目 Items | 种公鸡 Breeder cocks | 母鸡 Hens |
|---|---|---|
| 原料Ingredients | ||
| 玉米Corn | 63.00 | 63.00 |
| 豆粕Soybean meal | 23.00 | 23.00 |
| 麦麸Wheat bran | 7.75 | 2.00 |
| 大豆油Soybean oil | 2.00 | 2.00 |
| 磷酸氢钙CaHPO4 | 2.00 | 2.00 |
| 石粉Limestone | 1.25 | 7.00 |
| 氯化钠NaCl | 0.30 | 0.30 |
| DL-蛋氨酸DL-Met | 0.10 | 0.10 |
| L-赖氨酸L-Lys | 0.10 | 0.10 |
| 氯化胆碱Choline chloride | 0.10 | 0.10 |
| 预混料Premix1) | 0.40 | 0.40 |
| 合计Total | 100.00 | 100.00 |
| 营养水平Nutrient levels2) | ||
| 代谢能ME/(MJ/kg) | 11.40 | 11.37 |
| 干物质DM | 89.22 | 89.41 |
| 粗蛋白质CP | 15.20 | 15.13 |
| 钙Ca | 1.00 | 3.32 |
| 有效磷AP | 0.44 | 0.45 |
| 赖氨酸Lys | 0.82 | 0.81 |
| 蛋氨酸+胱氨酸Met+Cys | 0.67 | 0.66 |
| 蛋氨酸Met | 0.36 | 0.35 |
1)预混料为每千克饲粮提供 The premix provided the following per kg of diets:生物素 biotin 0.15 mg,叶酸 folic acid 0.70 mg,泛酸 pantothenic acid 12 mg,胆碱 choline 900 mg,烟酸 niacin 30 mg,VA 8 000 IU,VB1 1.80 mg,VB2 7.50 mg,VB6 4.50 mg,VB12 0.25 mg,VD3 2 000 IU,VE 20 mg,VK3 2.15 mg,Fe 65 mg,Zn 90 mg,Mn 65 mg,Cu 10 mg,I 0.40 mg,Se 0.30 mg。 2)代谢能和有效磷为计算值,其余为实测值。ME and AP were calculated values, while the others were measured values. |
1.2 试验仪器和试剂
1.3 测定指标
1.3.1 饲粮中营养成分含量
1.3.2 略阳乌鸡体重曲线和产蛋性能
1.3.3 种公鸡精清miRNA测序
1.3.4 母鸡卵巢上皮组织转录组测序
1.3.5 鸡蛋蛋黄代谢组分析
1.3.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证精清中关键miRNA表达状况
表2 精清中关键miRNA qRT-PCR引物序列Table 2 Primer sequences for qRT-PCR of key miRNA in seminal fluid |
| miRNA名称miRNA names | 引物序列Primer sequences (5'—3') |
|---|---|
| gga-let-7b | F:ACACTCCAGCTGGGTGAGGTAGTAGGTTGT R:TGGTGTCGTGGAGTCG |
| gga-miR-2954 | F:GGTAGGCATCCCCATTCCACTC R:AACTGGTGTCGTGGAGTCGGC |
| 5S | F:CCATACCACCCTGGAAACGC R:TACTAACCGAGCCCGACCCT |
1.3.7 qRT-PCR验证卵巢上皮中关键基因的mRNA表达状况
表3 卵巢上皮中关键基因qRT-PCR引物序列信息Table 3 Primer sequence information for qRT-PCR of key genes in ovarian epithelium |
| 基因名称 Gene names | mRNA编号 ID of mRNA | 引物序列 Primer sequences (5'—3') | 产物大小 Product size/bp |
|---|---|---|---|
| 高迁移率族蛋白B1 HMGB1 | NM_204902 | F:TGAATGCCCGTTTGGGATCA R:ACGCTCTTCCTATGGGTCCT | 346 |
| RAS相关蛋白10 RAB10 | NM_001031097 | F:TCTCCCTTTGTTCTCCCGTG R:CCTGGCTCTTTTGCTGATGC | 306 |
| F-肌动蛋白加帽蛋白α2 CAPZA2 | NM_001004380 | F:AGGCCTTACGTCGACAGTTG R:CAATGGCAAAAGCCCATGCT | 210 |
| 翻译调节肿瘤蛋白1 TPT1 | NM_205398 | F:CTACAAGATCCGCGAGGTGG R:TTCTGTCCCCTCTCCCTCAG | 139 |
| β-肌动蛋白 β-actin | L08165 | F:ATTGTCCACGCAAATGCTTC R:TTCTGTCCCCTCTCCCTCAG | 113 |
1.4 数据统计与分析
2 结果与分析
2.1 种公鸡限饲对种公鸡和母鸡体重的影响
2.2 种公鸡限饲对配套母鸡产蛋率和平均蛋重的影响
2.3 种公鸡限饲对配套母鸡蛋黄代谢物组成的影响
2.3.1 AE组与RE组蛋黄代谢物组成的整体差异性
2.3.2 蛋黄差异代谢物的聚类分析及其与营养物质代谢的相关性
2.4 限饲对种公鸡精清miRNA表达谱的影响
2.4.1 A组与R组种公鸡精清miRNA表达谱的整体差异性
2.4.2 精清差异表达miRNA的聚类分析及其靶基因的KEGG功能富集性分析
图6 精清差异表达miRNA的聚类分析(A)及其靶基因KEGG富集性分析(B)Endocytosis:内吞;Hedgehog signaling pathway:刺猬信号通路;Phosphatidylinositol signaling system:磷脂酰肌醇信号系统;Notch signaling pathway:Notch信号通路;Adherens junction:黏着连接;GnRH signaling pathway:GnRH信号通路;Melanogenesis:黑色素合成;Focal adhesion:黏着斑;FoxO signaling pathway:FoxO信号通路;Tight junction:紧密连接;Adrenergic signaling in cardiomyocytes:心肌细胞中的肾上腺素信号;Regulation of actin cytoskeleton:肌动蛋白细胞骨架调节;Insulin signaling pathway:胰岛素信号通路;Cellular senescence:细胞衰老;Oocyte meiosis:卵母细胞减数分裂;TGF-beta signaling pathway:TGF-β信号通路;Autophagy-animal:自噬-动物;Wnt signaling pathway:Wnt信号通路;mTOR signaling pathway:mTOR信号通路;MAPK signaling pathway:MAPK信号通路。 Fig.6 Clustering analysis (A) of spermic differentially expressed miRNA and KEGG pathway enrichment analysis of their target genes (B) |
2.4.3 qRT-PCR验证精清gga-let-7b和gga-miR-2954表达状况
2.5 限饲种公鸡精清miRNA对配套母鸡卵巢上皮基因表达的影响
2.5.1 AH组与RH组母鸡卵巢上皮转录谱的整体差异性
2.5.2 卵巢上皮差异表达基因的聚类分析和KEGG功能富集性分析
图9 卵巢上皮差异表达基因的聚类分析(A)和KEGG功能富集性分析(B)Mitophagy-animal:自噬-动物;Endocytosis:内吞;Autophagy-other:自噬-其他;RNA degradation:RNA降解;RNA transport:RNA转运;Propanoate metabolism:丙酸盐代谢;Glutathione metabolism:谷胱甘肽代谢;Ubiquitin mediated proteolysis:泛素介导的蛋白质水解;Citrate cycle (TCA cycle):柠檬酸循环(TCA循环);Adherens junction:黏着连接;Protein processing in endoplasmic reticulum:内质网蛋白质加工;Autophagy-animal:自噬-动物;Phosphatidylinositol signaling system:磷脂酰肌醇信号系统;Inositol phosphate metabolism:肌醇磷酸代谢;Valine, leucine and isoleucine degradation:缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解;Proteasome:蛋白酶体;Oxidative phosphorylation:氧化磷酸化;mRNA surveillance pathway:mRNA监视通路;Spliceosome:剪接体;Ribosome:核糖体。 Fig.9 Clustering analysis (A) and KEGG pathway enrichment analysis (B) of differentially expressed genes in ovarian epithelium |
2.5.3 qRT-PCR验证母鸡卵巢上皮差异表达基因的表达状况
图10 卵巢上皮差异表达基因的转录组测序(A)和qRT-PCR验证结果(B)HMGB1:高迁移率族蛋白1 high mobility group box 1 protein;RAB10:Ras相关蛋白10 Ras-associated protein 10;CAPZA2:F肌动蛋白加帽蛋白α2亚基 F-actin capping protein alpha 2 subunit;TPT1:翻译调节肿瘤蛋白1 translationally regulated tumor protein 1。 Fig.10 RNA-seq (A) and qRT-PCR verification results (B) of differentially expressed genes in ovarian epithelium (n=4) |

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