1 材料与方法
1.1 试验设计
表1 基础饲粮组成及营养水平(干物质基础)Table 1 Composition and nutrient levels of the basal diet (DM basis) % |
| 项目Items | 含量Content |
|---|---|
| 原料Ingredients | |
| 玉米Corn | 32.00 |
| 玉米青贮Corn silage | 25.00 |
| 燕麦干草Oat hay | 25.00 |
| 豆粕Soybean meal | 5.00 |
| 膨化大豆Extruded soybean | 5.00 |
| 棉籽粕Cottonseed meal | 3.00 |
| 麸皮Wheat bran | 2.00 |
| 喷浆玉米皮Spraying corn husk | 1.50 |
| 预混料Premix1) | 1.50 |
| 合计Total | 100.00 |
| 营养水平Nutrient levels2) | |
| 代谢能ME/(MJ/kg) | 10.51 |
| 粗蛋白质CP | 13.09 |
| 有机物OM | 90.87 |
| 粗脂肪EE | 2.48 |
| 中性洗涤纤维NDF | 38.48 |
| 酸性洗涤纤维ADF | 21.80 |
1) 每千克预混料含 One kilogram of the premix contained the following:VA 40 000 IU,VD 5 500 IU,Fe 4 g,Zn 4 g,Cu 1 g,I 50 mg,Co 20 mg,Se 20 mg。 2) 代谢能为计算值,其余为实测值。ME was a calculated value, while the others were measured values. |
1.2 样品采集
1.2.1 饲粮样及粪样的采集
1.2.2 瘤胃液样品的采集
1.3 测定指标及方法
1.3.1 生长性能测定
1.3.2 饲粮营养成分及养分表观消化率测定
1.3.3 DNA提取、文库构建和宏基因组测序
1.3.4 序列质量控制和基因组组装
1.4 数据统计分析
2 结 果
2.1 RPGAA对牦牛生长性能的影响
表2 RPGAA对牦牛生长性能的影响Table 2 Effects of RPGAA on growth performance of yaks |
| 项目 Items | 组别Groups | P值 P-value | ||
|---|---|---|---|---|
| 对照Control | L | H | ||
| 初始体重IBW/kg | 140.00±13.48 | 139.58±14.34 | 136.92±13.49 | 0.985 |
| 终末体重FBW/kg | 262.25±16.06 | 284.58±22.89 | 300.75±21.57 | 0.428 |
| 干物质采食量DMI/(kg/d) | 5.97±0.51 | 5.75±0.45 | 5.95±0.48 | 0.954 |
| 平均日增重ADG/(kg/d) | 0.92±0.05b | 1.09±0.07ab | 1.23±0.07a | 0.011 |
| 料重比F/G | 6.55±0.60a | 5.27±0.16b | 4.84±0.32b | 0.024 |
同行数据肩标不同小写字母表示差异显著(P<0.05),相同或无字母表示差异不显著(P>0.05)。下表同。 | |
In the same row, values with different lowercase letters superscripts mean significant difference (P<0.05), while with the same or no letter superscripts mean no significant difference (P>0.05). The same as below. |
2.2 RPGAA对牦牛养分表观消化率的影响
表3 RPGAA对牦牛养分表观消化率的影响Table 3 Effects of RPGAA on nutrient apparent digestibilities of yaks % |
| 项目 Items | 组别Groups | P值 P-value | ||
|---|---|---|---|---|
| 对照Control | L | H | ||
| 粗蛋白质CP | 60.29±0.32 | 61.21±1.39 | 62.47±1.31 | 0.407 |
| 有机物OM | 67.42±0.78 | 66.80±0.83 | 69.07±0.70 | 0.134 |
| 粗脂肪EE | 65.20±1.70 | 64.70±1.98 | 68.47±2.49 | 0.403 |
| 中性洗涤纤维NDF | 49.83±2.15 | 47.03±0.65 | 52.01±1.77 | 0.135 |
| 酸性洗涤纤维ADF | 40.02±2.56 | 38.94±0.73 | 45.09±2.35 | 0.110 |
2.3 RPGAA对牦牛瘤胃微生物区系的影响
2.3.1 瘤胃微生物宏基因组测序结果
2.3.2 瘤胃微生物Venn图
2.3.3 α多样性指数
表4 RPGAA对瘤胃微生物α多样性指数的影响Table 4 Effects of RPGAA on alpha diversity indexes of rumen microorganisms |
| 项目 Items | 组别groups | P值 P-value | ||
|---|---|---|---|---|
| 对照Control | L | H | ||
| Chao1指数Chao1 index | 16 634.40±453.19a | 14 605.80±576.55b | 15 935.00±169.70ab | 0.019 |
| Shannon指数Shannon index | 5.43±0.08 | 5.13±0.09 | 5.32±0.11 | 0.112 |
| Simpson指数Simpson index | 0.04±0.01 | 0.06±0.00 | 0.05±0.01 | 0.334 |
2.3.4 瘤胃门水平菌群结构和组成
图2 瘤胃门水平菌群结构Bacteroidota:拟杆菌门;Firmicutes:厚壁菌门;Euryarchaeota:广古菌门;Spirochaetota:螺旋体菌门;Pseudomonadota:变形菌门;Actinomycetota:放线菌门;Fibrobacterota:纤维杆菌门;Uroviricota:尾病毒门;Chloroflexota:绿弯菌门;Thermodesulfobacteriota:热脱硫菌门;Planctomycetota:浮霉菌门;Candidatus_Thermoplasmatota:候选热原体门;Lentisphaerota:黏胶球形菌门;Mycoplasmatota:支原体门;Synergistota:互养菌门;Verrucomicrobiota:疣微菌门;unclassified_d_Archaea:未分类的古菌域;Candidatus_Saccharibacteria:候选糖菌门;Candidatus_Cloacimonadota:候选污水单胞菌门;Campylobacterota:弯曲菌门;others:其他。 Fig.2 Rumen microflora structure at phylum level |
表5 RPGAA对牦牛瘤胃菌群组成的影响(门水平)Table 5 Effects of RPGAA on rumen microflora composition of yaks (phylum level) % |
| 项目 Items | 组别Groups | P值 P-value | ||
|---|---|---|---|---|
| 对照Control | L | H | ||
| 拟杆菌门Bacteroidota | 46.30±1.07b | 57.51±3.81a | 46.70±3.91b | 0.049 |
| 厚壁菌门Firmicutes | 34.44±0.48 | 25.97±2.62 | 34.35±3.46 | 0.055 |
| 广古菌门Euryarchaeota | 4.33±0.54 | 3.73±0.86 | 4.59±0.46 | 0.639 |
| 螺旋体菌门Spirochaetota | 2.31±0.27 | 1.76±0.48 | 2.20±0.38 | 0.581 |
| 变形菌门Pseudomonadota | 1.53±0.22 | 2.12±0.73 | 1.38±0.10 | 0.481 |
| 放线菌门Actinomycetota | 1.58±0.07a | 0.99±0.11b | 1.55±0.16a | 0.007 |
| 纤维杆菌门Fibrobacterota | 1.08±0.15 | 1.18±0.06 | 1.03±0.07 | 0.568 |
| 尾病毒门Uroviricota | 1.19±0.10 | 0.81±0.12 | 1.18±0.23 | 0.207 |
| 绿弯菌门Chloroflexota | 0.94±0.21 | 0.57±0.14 | 0.69±0.11 | 0.280 |
| 热脱硫菌门Thermodesulfobacteriota | 0.64±0.03 | 0.60±0.14 | 0.64±0.06 | 0.933 |
| 浮霉菌门Planctomycetota | 0.48±0.09 | 0.30±0.05 | 0.60±0.10 | 0.067 |
| 候选热原体门Candidatus_Thermoplasmatota | 0.56±0.05a | 0.38±0.05b | 0.40±0.05b | 0.034 |
| 黏胶球形菌门Lentisphaerota | 0.57±0.18 | 0.24±0.07 | 0.45±0.07 | 0.196 |
| 支原体门Mycoplasmatota | 0.36±0.06 | 0.28±0.07 | 0.49±0.12 | 0.273 |
| 互养菌门Synergistota | 0.28±0.01a | 0.20±0.03b | 0.27±0.03a | 0.041 |
| 疣微菌门Verrucomicrobiota | 0.26±0.03 | 0.17±0.02 | 0.25±0.03 | 0.141 |
| 未分类的古菌域Unclassified_d__Archaea | 0.18±0.03 | 0.14±0.02 | 0.17±0.03 | 0.734 |
| 候选糖菌门Candidatus_Saccharibacteria | 0.23±0.04 | 0.17±0.01 | 0.19±0.02 | 0.287 |
| 候选污水单胞菌门Candidatus_Cloacimonadota | 0.12±0.01 | 0.18±0.05 | 0.21±0.03 | 0.183 |
| 弯曲菌门Campylobacterota | 0.27±0.08 | 0.16±0.05 | 0.14±0.03 | 0.238 |
| 其他Others | 2.35±0.27 | 2.54±0.30 | 2.50±0.24 | 0.871 |
2.3.5 瘤胃属水平菌群结构和组成
图3 瘤胃属水平菌群结构Prevotella:普雷沃氏菌属;Bacteroides:拟杆菌属;Alistipes:另枝菌属;Methanobrevibacter:甲烷短杆菌属;Ruminococcus:瘤胃球菌属;Eubacterium:真杆菌属;Clostridium:梭菌属;Lentimicrobium:扁形菌属;Candidatus_Sulfidibacterium:候选硫杆菌属;Butyrivibrio:丁酸弧菌属;Treponema:螺旋体属;Aristaeella:芒小菌属;Mogibacterium:茂木菌属;Candidatus_Cryptobacteroides:候选隐拟杆菌属;Saccharofermentans:糖发酵菌属;Blautia:经黏液真杆菌属;Fibrobacter:纤维杆菌属;Sarcina:堆菌属;unclassified_c_Caudoviricetes:未分类尾病毒纲;Oscillibacter:颤螺菌属;others:其他。 Fig.3 Rumen microflora structure at genus level |
表6 RPGAA对牦牛瘤胃菌群组成的影响(属水平)Table 6 Effects of RPGAA on rumen microflora composition of yaks (genus level) % |
| 项目 Items | 组别groups | P值 P-value | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 对照Control | L | H | |||||||
| 普雷沃氏菌属Prevotella | 18.43±2.02 | 21.68±0.40 | 20.76±1.91 | 0.374 | |||||
| 拟杆菌属Bacteroides | 5.96±0.36 | 5.96±0.25 | 5.56±0.16 | 0.491 | |||||
| 另枝菌属Alistipes | 4.15±0.21a | 4.09±0.13a | 3.53±0.13b | 0.034 | |||||
| 甲烷短杆菌属Methanobrevibacter | 3.92±0.54 | 3.35±0.85 | 3.99±0.45 | 0.743 | |||||
| 瘤胃球菌属Ruminococcus | 3.85±0.37 | 2.58±0.35 | 3.34±0.31 | 0.067 | |||||
| 真杆菌属Eubacterium | 3.14±0.23a | 2.06±0.24b | 2.62±0.25ab | 0.025 | |||||
| 梭菌属Clostridium | 2.63±0.26 | 1.94±0.32 | 2.30±0.26 | 0.269 | |||||
| 扁形菌属Lentimicrobium | 0.74±0.22b | 3.90±0.87a | 1.79±0.58b | 0.011 | |||||
| 候选硫杆菌属Candidatus_Sulfidibacterium | 0.25±0.06b | 3.40±0.90a | 1.33±0.52b | 0.009 | |||||
| 丁酸弧菌属Butyrivibrio | 2.03±0.47 | 1.21±0.08 | 1.38±0.16 | 0.152 | |||||
| 螺旋体属Treponema | 1.61±0.21 | 1.29±0.33 | 1.48±0.14 | 0.638 | |||||
| 芒小菌属Aristaeella | 1.96±0.72 | 0.94±0.20 | 1.42±0.18 | 0.296 | |||||
| 茂木菌属Mogibacterium | 1.89±0.19a | 0.99±0.17b | 1.38±0.22ab | 0.022 | |||||
| 候选隐拟杆菌属Candidatus_Cryptobacteroides | 1.39±0.13 | 1.21±0.18 | 1.04±0.10 | 0.261 | |||||
| 糖发酵菌属Saccharofermentans | 1.21±0.18 | 1.09±0.11 | 1.29±0.18 | 0.670 | |||||
| 经黏液真杆菌属Blautia | 1.34±0.12 | 0.80±0.13 | 1.27±0.19 | 0.055 | |||||
| 纤维杆菌属Fibrobacter | 1.08±0.15 | 1.18±0.06 | 1.03±0.07 | 0.556 | |||||
| 堆菌属Sarcina | 1.18±0.10 | 0.80±0.14 | 1.20±0.21 | 0.160 | |||||
| 未分类尾病毒纲Unclassified_c_Caudoviricetes | 1.12±0.09 | 0.76±0.12 | 1.14±0.23 | 0.214 | |||||
| 颤螺菌属Oscillibacter | 1.07±0.07 | 0.99±0.17 | 0.86±0.23 | 0.701 | |||||
| 其他Others | 41.05±0.70 | 39.79±0.52 | 41.30±1.31 | 0.472 | |||||
2.3.6 碳水化合物活性酶(carbohydrate-active enzymes,CAZy)功能分析
表7 RPGAA对牦牛瘤胃CAZy相对丰度的影响Table 7 Effects of RPGAA on relative abundance of CAZy in rumen of yaks % |
| 项目 Items | 组别Groups | P值 P-value | ||
|---|---|---|---|---|
| 对照Control | L | H | ||
| 辅助氧化还原酶AA | 2.35±0.14 | 2.29±0.38 | 2.09±0.17 | 0.762 |
| 碳水化合物结合模块CBM | 2.73±0.10a | 1.86±0.27b | 2.57±0.15a | 0.014 |
| 碳水化合物酯酶CE | 13.16±0.18a | 11.86±0.33b | 12.14±0.32b | 0.018 |
| 糖苷水解酶GH | 52.61±0.74a | 47.35±1.28b | 50.51±0.77a | 0.008 |
| 糖基转移酶GT | 27.46±0.72b | 34.71±1.76a | 30.69±1.03b | 0.005 |
| 多糖裂解酶PL | 1.70±0.12 | 1.93±0.38 | 2.00±0.23 | 0.712 |
